一，采用臭氧消毒：具有比氯更强的氧化消毒能力，不但可以较彻底地杀菌消毒，而且可以降解水中含有的有害成分和去除重金属离子以及多种有机物等杂质，如铁、锰、硫化物、苯、酚、有机磷、有机氯、氰化物等，还可以使水除臭脱色，从而达到净化水的目的。臭氧适应能力强，受水温、PH值影响较小。臭氧适应范围广，不受菌种限制，杀菌效果比氯消毒和紫外消毒效果好。与氯不同的是残余臭氧可以自行分解为氧气，不会产生二次污染。臭氧处理後的水无色无臭，口感好，能改善饮用水品质。
故此，为了提高瓶装饮用水的质量和延长保质期，国际瓶装水协会（IBWA）建议采用臭氧处理。在臭氧处理前，瓶装水一般用反渗透、纳滤、超滤去除天然水中99%的有机物，降低臭氧的用量。
二、采用氯剂消毒：
氯消毒在自来水应用很普遍，有严重的二次污染问题存在。1973年起，荷兰、加拿大、美国等国相继发现，用氯消毒後的自来水中会产生卤代有机物（氯仿、氯胺、溴二甲烷、四氯化碳等THM），这些物质具有致癌性。况且氯消毒易受温度和PH值影响。馀氯还会影响饮用水的口感，特别对於饮料用水，馀氯会使碳酸饮料等饮料制品产生氯的臭味，并使饮料中的95精、色素发生氧化，影响产品质量。
三、采用紫外消毒：
不同的菌致死所需的照射能量差异较大，并且水质对紫外杀菌效果也有影响，紫外线的因光谱波长只在490nm -140nm范围内具有杀菌能力，因此在水中的穿透能力有限，而难以达到理想效果。微生物受到紫外线照射後，气体内的核蛋白质会因吸收紫外线光谱能量而变性，引起新陈代谢障碍，从而丧失繁殖能力。当照射剂量增大一定量时，微生物细胞被破坏致死。紫外线对澄清透明的水有一定的穿透力，因此能使水消毒。